Początki publicznych szkół elementarnych na Lubelszczyźnie oparte są na ustawie z dnia 12 stycznia 1808 r.
W którym roku powstała szkoła w Czułczycach dokładnie nie wiadomo. W pierwszych latach Królestwa Polskiego szkoła w Czułczycach boryka się z dużymi trudnościami i nie mając warunków do rozwoju upadła w czasie powstania listopadowego w 1830 roku.
W 1898 roku kosztem rządu carskiego postawiono obszerny na owe czasy budynek drewniany przeznaczony na szkołę. Budynek ten użytkowany był aż do roku 1998. Jednym z pierwszych kierowników szkoły był Paweł Walczak, który wraz z żoną uczył w niej kilkanaście lat po wojnie sowiecko-polskiej. Kupował pomoce szkolne, stworzył bibliotekę, zorganizował także teatr szkolny.
We wrześniu 1939 r. Paweł Walczak poszedł na wojnę i zginął zamordowany w Katyniu. Podczas okupacji budynek przejęli Ukraińcy organizując w nim swoją szkołę. Oficjalna polska szkoła znajdowała się w Czułczycach Kolonii w prywatnym budynku.
O potrzebie budowy nowej szkoły pisano już w 1918 roku. Budowę rozpoczęto w latach 80-tych. Do tego czasu uczniowie uczyli się w starej odzyskanej po wojnie szkole oraz dwóch innych oddalonych od siebie o kilkaset metrów budynkach. Nowy, obecny budynek szkoły oddano do użytku w roku 1998.
Dnia 12 maja 2001 r. po przeprowadzeniu referendum nadano szkole imię Papieża Jana Pawła II. Ceremonię nadania imienia szkole poprowadził metropolita lubelski arcybiskup Józef Życiński. W uroczystości uczestniczyło wielu znamienitych gości.